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Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Del Risco A, Montoya Quiroga A M (2024): Ponderación de la Red de Interacciones Bióticas de Bogotá D.C. v1. Jardín Botánico de Bogotá "José Celestino Mutis". Dataset/Occurrence. http://catalogador.jbb.gov.co:8090/app/resource?r=001_bio-rrbb_sc_2024007

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

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Bogotá; Frecuencia; Interacciones bióticas; Ponderación; Redes unipartitas; Observation; Occurrence

Distrito Capital

La cobertura taxonómica del proyecto abarca a todos los organismos vivos. Como no es posible seleccionar el taxón que represente a toda la vida celular (Biota) debido a que no hay categorías disponibles por encima de dominio, se consignan los dos dominios que se cubren en el recurso: Eukaryota y Bacteria.

El Jardín Botánico de Bogotá tiene como misión contribuir a la conservación de la flora del bosque altoandino y páramo, a través de tres procesos de gestión del conocimiento: Generación, apropiación y aplicación. Para la generación del conocimiento, la Subdirección Científica se hace responsable de aumentar la capacidad institucional para la gestión del conocimiento en conservación, restauración y uso sostenible de la flora en áreas de la estructura ecológica y de interés ambiental en la ciudad región, en el marco del Plan de Desarrollo "Un nuevo contrato social y ambiental para la Bogotá del siglo XXI". El Jardín Botánico desde su fundación ha fortalecido su capacidad investigativa sobre estos tres componentes de gestión del conocimiento: Conservación, restauración ecológica y uso sostenible, y lo ha hecho desde 1992 con los recursos del Distrito Capital, como establecimiento público del orden descentralizado de la Alcaldía Mayor de Bogotá D.C. A la fecha, cuenta con un acervo informativo que le ha permitido analizar y dar respuestas parciales a las complejas problemáticas ecológicas del Distrito, con énfasis en la flora. A través de su historia, ha determinado el desarrollo de sus investigaciones utilizando diferentes estrategias de vinculación del personal científico y técnico, así: Vinculación directa de sus investigadores o relación con un tercero en calidad de investigador. En este análisis de alternativas se propone realizar un balance de la vinculación directa del personal al Jardín Botánico, para avanzar en sus procesos de investigación, comparado con la experiencia con un ente académico de trayectoria Nacional, quien para el desarrollo de los mismos estudios propuestos por entidad determina un incremento en los costos correspondiente al 30%. Por ampliar la explicación, si un proceso de investigación en el campo de la conservación, tiene un valor promedio para el Jardín Botánico de $100.000.000 de pesos m/cte., lo cual incluye mano de obra calificada y no calificada, equipos, materiales, transporte, entre otros costos directos e indirectos; comparativamente el ente académico externo incrementa esos costos en 30%, para un total de $130.000.000 de pesos m/cte. En términos de los resultados, tanto el Jardín Botánico como el ente académico externo, generan un producto de calidad para la ciudad. En cuanto al tema administrativo, el Jardín Botánico incurre en un trabajo administrativo adicional a la investigación. En ese caso, este proyecto analiza dos alternativas: Alternativa 1. El desarrollo de los procesos de investigación en conservación, restauración ecológica y uso sostenible de la flora de los ecosistemas del Distrito Capital y la región, en cumplimiento de su misión a través de sus propios recursos científicos, técnicos y administrativos. Alternativa 2: El Jardín Botánico terceriza la generación de conocimiento, a través de la contratación de un ente académico que desarrolle la investigación en sus tres ejes temáticos misionales, minimizando el desgaste administrativo. Producto de este análisis, el Jardín Botánico determina la selección de la Alternativa 1, ya que además de los argumentos financiero y administrativos, anteriormente expuestos y que determinan una mayor eficiencia en el manejo de los recursos, se busca como producto final para la entidad, la acreditación como centro de investigación del país y la recategorización de su actual grupo de investigación B, a través del cumplimiento de sus actividades de ciencia, tecnología e innovación (CTI), e investigación y desarrollo.

Les personnes impliquées dans le projet:

Para enriquecer información sobre frecuencias de interacciones, la muestra de este proyecto correspondió a los registros de interacciones en la base de datos documentados para el sitio de estudio (el área de Bogotá D.C.), más no a interacciones potenciales (i.e. interacciones entre dos taxones que presentan ocurrencia en el Distrito Capital, pero que se documentaron fuera de esta área).

Description des étapes de la méthode:

1. Para capturar la información sobre la frecuencia en la base de datos existente, se añadió un campo adicional en la tabla de interacciones denominado “Frecuencia”, que se encuentra entre los campos “Reportado para Bogotá” y “Observaciones”. Los datos consignados en este campo son de carácter numérico, ingresando números enteros desde el cero al infinito, y representa el número total de observaciones registradas a través de todas las fuentes que soportan el registro. Se hace revisando directamente las fuentes citadas para cada registro e indicando el número de veces que se muestra o se reporta la interacción, y sumando estas observaciones entre las fuentes. La observación, unidad básica manejada en el campo de frecuencia, se cuenta de forma diferencial dependiendo de los tipos organismos que participen en la interacción, pero en general puede definirse como una instancia en la que dos organismos interactúan en un mismo punto en el espacio (campo de coordenadas) y tiempo (campo de fecha). El caso más sencillo de interpretar una unidad de observación es aquel en donde se involucra uno o más organismos altamente móviles (i.e. gran parte de los animales) participando en interacciones efímeras o de corta duración (e.j. visitas florales de insectos voladores o aves a plantas, depredación entre animales, eventos de agresión). Para los casos en donde participan uno o más organismos gregarios y poco móviles (insectos no voladores como cocoideos o larvas de lepidopteros) o sésiles (plantas, hongos), en interacciones de larga duración (epibiosis, parasitismo, ciertos tipos de fitofagía), las observaciones son contadas como una unidad incluso en casos en donde varios individuos pertenecientes a un mismo taxón se encuentran interactuando al tiempo con un individuo de otro organismo. Por ejemplo, si varios individuos de una misma especie de oruga (etapa larval de lepidópteros, no voladores y con pocas capacidades de dispersarse) se encuentran consumiendo los tejidos un mismo individuo de su especie de planta hospedera, tal instancia se cuenta como una sola observación. El motivo por el cual esto se cuenta de esta manera es que muy posiblemente este tipo de organismos o provienen de un mismo evento de oviposición (e.j. insectos fitófagos holometábolos), o se han reproducido in situ sobre su hospedero (e.j. parásitos), o provienen de un mismo evento de dispersión y colonización masiva (e.j. organismos epífitos), y contarlos como múltiples observaciones en vez de una sola, en representación de ese único evento, estaría representando eventos de pseudo-replicación. Aunque puede que varios individuos sobre un mismo hospedero representen más de un evento de colonización, si no hay evidencia directa de esto, se opta por asumir la cifra más conservadora.
2. El número de observaciones usualmente se reporta en la fuente de manera directa, en cuanto a la cantidad total de eventos en los que se observa la interacción mencionada. A veces se reportan en términos de frecuencia relativa. En dichos casos, los valores de frecuencias absolutas se obtuvieron multiplicando la frecuencia relativa por el total de observaciones realizadas (N). En caso de obtener valores decimales, se aproximaron al número entero cercano. En los casos en donde las fuentes mencionan la presencia de una interacción sin mención alguna de la cantidad de veces en las que fue observada, se opta por asumir un valor conservador de 1. Siguiendo esta misma lógica, en los casos en donde las fuentes mencionan que la presencia de una interacción entre la misma combinación de taxones ocurre varias veces, pero no hay mención de una cifra, se opta por asumir un valor conservador de 2.
3. Es necesario resaltar que todo el proceso anteriormente mencionado se realizó únicamente para los registros de interacciones reportados para Bogotá, es decir, aquellos que están marcados con “SÍ” el campo de “Reportado para Bogotá”. A las interacciones potenciales, debido a que ocurren por fuera del área de estudio de interés, no se les realizó esta revisión y el valor ingresado en el nuevo campo de “Frecuencia” fue automáticamente de Una vez se tuvo el conjunto de datos ponderados (con el valor del campo de frecuencia consignado), se depuró esta base de datos para escoger un subconjunto adecuado de registros de interacciones y así poder proceder con los análisis de redes unipartitas, con el objetivo de ejemplificar uno de los potenciales usos de este conjunto de datos. Las redes unipartitas consisten en sistemas en donde un nodo (organismo) puede interactuar con cualquier otro nodo del sistema, en contraste con las redes bipartitas, en donde los nodos son clasificados en dos categorías (e.j. planta y polinizador), y las interacciones solo ocurren entre nodos de categorías disintas.
4. La depuración fué necesaria debido a que las métricas de redes solo tienen una interacción como la combinación única entre dos taxones independientemente de su tipo de interacción, de tal modo que se requirió agrupar los registros que compartían la misma combinación de Taxón 1 y Taxón 2 en uno solo, sumando los valores de frecuencia para el registro unificado. Al llevar esto a cabo, se obtuvo el primer subconjunto de datos para la estimación de métricas (llamado de ahora en adelante Subconjunto A). Sin embargo, este Subconjunto A tiene un potencial problema de pseudo-replicación taxonómica, en el sentido en que hay ciertos taxones supraespecíficos indeterminados que pueden ser réplicas de otros taxones hijos con mayor resolución (i.e. Bombus sp. y Bombus pauloensis). Para evitarlo, se obtuvo un segundo subconjunto a partir del A (llamado Subconjunto B), donde se depuraron los registros de interacciones con taxones indeterminados, si dicho taxon tuviera un taxón hijo presente en el mismo conjunto de datos. A pesar de que el Subconjunto B potencialmente excluye registros replicados, el Subconjunto A cuenta con la ventaja de tener un tamaño muestreal superior. Por esta razón, la estimación de métricas de redes unipartitas fueron llevadas a cabo tanto para el Subconjunto A como el Subconjunto B.
5. Para esto, se usó el software R empleando el paquete igraph (Csardi & Nepusz 2006), el cual es empleado para realizar diversos análisis de redes unipartitas, especificando que el conjunto de datos es ponerado (i.e. tiene valores de frecuencia), y que no es dirigido (no importa el orden de los taxones en cada registro de interacción). Se emplearon las funciones de edge_density, mean_distance, transitivity, cluster_infomap y assortativity para calcular las variables de conectancia, longitud media del camino, coeficiente de aglomeración, modularidad y asortatividad respectivamente (esta última calculándose de acuerdo con el grado o número de conexiones de cada nodo o taxón). Finalmente, se estimaron los grados de cada nodo en los subconjuntos de datos y se obtuvo la distribución de estos grados utilizando la función de graph.degree_distribution.